Ubatuba surgiu da aldeia tupinambá de Iperoig ( Ypiru-yg = rio das perobas). Região rica de boa madeira para embarcações das quais eram habilíssimos canoeiros e construíam grandes canoas de capacidade para até 60 pessoas e como nadadores exímios, chegaram a nadar quilômetros ao encontro das embarcações que vinham para negociar em primeira mão o produto pau-brasil. Ubatuba era o quartel general da nação Tupinambá.

Sobre a personalidade de José de Anchieta existia um livro na Biblioteca Municipal de Ubatuba. O livro "Anchieta, santo ou carrasco?", que extraviou-se.

O clima ficou quente, entre os portugueses e os índios. Em 1554, os portugueses mataram mais de 20 mil índios surgindo daí a Confederação dos Tamoios, em 1555 e em 1563, a Paz de Iperoig, que abriu espaço para legitimar a matança dos índios que viviam no litoral brasileiro, principalmente no centro-sul da colônia. Com a paz assinada, os franceses perderam o direito de permanecer. Ficaram os portugueses escravizando os Tupinambás. Esse contato direto com os portugueses, além do genocídio promovido, foi também o início da disseminação de doenças trazidas pelos brancos, das quais os índios não tinham anti-corpos para combatê-las. Hans Staden diz em seu livro que até cobertores contaminados foram trazidos para cá.
Quem sobrou, não teve outro caminho a não ser fugir. Os primeiros a colocarem o pé na estrada foram os índios da costa sul e leste, onde a colonização foi mais rápida e mais abrangente. Os Tupinambás fornecem um dos exemplos mais extraordinários desse êxodo. Logo após 1500, esse povo iniciou um espantoso movimento de migração - o maior de que se tem notícia em tempos históricos na América -, composto por dezenas de milhares de índios, à procura de refúgio na Amazônia. Por volta de 1600 (nesta data já não existia mais nenhum índio em Ubatuba) os Tupinambás atingiram o norte do Brasil e foram importantes no processo de consolidação da ocupação da terra pelos portugueses. Inclusive, participaram ativamente na fundação da cidade de Belém, em 1616. No Pará, os índios também tiveram participação na luta entre portugueses e franceses, ajudando na posse portuguesa. No final, não sobrou nenhum índio para contar história por aqui.
Os Tupinambás, legítimos donatários das terras de Ubatuba, talvez, possam ser encontrados no Maranhão, ou no Pará. Talvez algum historiador se habilite a resgatar essa importante passagem histórica, para Ubatuba e para o Brasil.

sensibilizando a sociedade brasileira, pavimentando o início de uma solução para o conflito da posse da terra e ajudando na criação da Funai - A Fundação Nacional do Índio.
A importâncias de Ubatuba começou a ser desvendada em 1962, quando na construção do condomínio da praia do Tenório. Lá foi descoberto um sítio arqueológico com idade de 2 mil anos. Os estudos foram desenvolvidos pela professora Dorath Ulhôa Cintra, chefe do setor de pré-história da USP. Esse registro arqueológico prova que a existência dos tupinambás vem desde a época de Cristo. Diversas ossadas foram localizadas neste sítio arqueológico, provando a presença pré-histórica de habitantes em Ubatuba.

do modo de vida.
No fim do século XIX os guaranis iniciaram um processo de migração rumo ao litoral, até que no final da década de 60 surgiu a Aldeia Boa Vista, em Ubatuba, com a chegada de três famílias trazidas para o Prumirim por Octácilio Dias de Lacerda. Até chegarem ao Prumirim, a saga dos guaranis pode assim ser resumida: Do Paraguai eles emigraram para o Paraná, sendo trazidos para Paraty. De Paraty eles foram para a fazenda do Maia, no bairro do Taquaral, já em Ubatuba.

Funai têm oferecido apoio logístico e nota-se uma mudança significativa no modo de vida dos Guaranis, sem que eles percam a identidade com seus antepassados. Recentemente eles começaram a ser servidos com rede elétrica, abastecida através da captação da energia solar.

A Aldeia Boa Vista está localizada no bairro do Prumirim e conta com uma área de 801 hectares.